Bracia kapucyni, od momentu powstania naszej reformy w 1525 roku aż po czasy nam współczesne, chowali swych zmarłych w katakumbach. Katakumby Klasztoru Królewskiego w Warszawie były używane do roku 1972, kiedy to na mocy ustaw państwowych zabroniono tej praktyki nakazując grzebanie zmarłych braci na cmentarzu. Jako ostatni został w nich pochowany brat Jakub z Kochów, który zmarł 18 listopada 1972 roku. Dwa lata wcześniej spoczął w nich nasz współbrat, międzynarodowej sławy artysta malarz, rzeźbiarz i rytownik, ojciec Efrem z Kcyni. Pośród rozlicznych jego dzieł, rozsianych w różnych krajach Europy, znajdują się także ilustracje do ostatniej łacińskiej edycji kapucyńskiego brewiarza Romano-Seraphicum. W katakumbach spoczywają też ludzie świeccy związani w jakiś sposób z klasztorem.
Pomieszczenia otaczające katakumby przez długi czas wykorzystywane były przez kuchnię ubogich, której jadalnia znajdowała się w krypcie pod kościołem, co sprawiło, że dostęp do samych katakumb został mocno utrudniony. Obecnie, po otwarciu Domu bł. Aniceta, stało się możliwe radykalne uporządkowanie całej przestrzeni krypty. Dzięki temu, na Uroczystość Wszystkich Świętych i Dzień Zaduszny, katakumby znowu stały się łatwo dostępne dla modlitwy i refleksji braci.
